Strategi yang diterapkan pemerintah di Indonesia untuk menggolkan eliminasi malaria tahun 2030. Berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan No. 239 tahun 2009 tentang Eliminasi Malaria di Indonesia, ditetapkan pentahapan eliminasi malaria menjadi 4 tahapan yaitu tahap pemberantasan, tahap pra-eliminasi, tahap eliminasi, dan tahap pemeliharaan. Indikator dari eliminasi yang ditetapkan adalah kab./kota, provinsi, dan pulau bebas dari kasus penularan setempat (indigenous) selama 3 tahun berturut-turut dan dijamin dengan kemampuan pelaksanaan surveilans yang baik. Kegiatan-kegiatan yang akan dilaksanakan guna mewujudkan Indonesia bebas malaria terdiri dari:
- Penemuan dan tata laksana penderitayang diarahkan pada upaya meningkatkan cakupan penemuan penderita dengan konfirmasi laboratorium baik secara mikroskopis yang merupakan gold standard ataupun menggunakan Rapid Diagnostic Test, serta melakukan pengobatan menggunakan obat malaria yang efektif dan aman yaitu menggunakan ACT (Artemisinin Comination Therapy). Pada kegiatan ini juga digalakkan pemeriksaan ulang sediaan darah atau Crosschecking, pemantauan kualitas RDT dan meningkatkan kemampuan mikroskopis malaria, serta memantau efikasi obat malaria. Selain itu juga dilakukan pengawasan terhadap distribusi dan penjualan obat malaria selain ACT seperti kloroqui dan fansidar di warung-warung, serta meningkatkan cakupan penemuan kasus pasif melalui puskesmas pembantu, UKBM atau upaya kesehatan berbasis masyarakat seperti poskesdes, posyandu, dan posmaldes, termasuk memberdayakan praktek swasta, klinik, dan rumah sakit.
- Pencegahan dan penanggulangan faktor risikoyang dilaksanakan melalui survei vektor dan analisis dinamikan penularan (guna menetapkan metode pengendalian vektor yang paling sesuai), pendistribusian massal kelambu berinsektisida atau LLIN (Long Lasted Insecticided Net) dengan mengintegrasikan pelaksanaannya dengan lintas program dan lintas sektor di daerah endemis malaria, melakukan penyemprotan rumah (indoor residual spraying), memantau efikasi insektisida yang digunakan dan resistensi vektor, serta melakukan larvasida dan manajemen lingkungan di lokasi fokus dengan reseptivitas yang tinggi (kepadatan vektor tinggi dan terdapat faktor lingkungan serta iklim yang menunjang terjadinya penularan malaria) bila diperlukan.
- Surveilans epidemiologi dan penanggulangan wabahdengan cara memantapkan kemampuan unit fasyankes dalam SKD-KLB, respon cepat penanggulangan KLB malaria, meningkatkan kualitas pencatatan dan pelaporan beserta analisisnya, serta memperkuat kemampuan dalam melakukan pemetaan mengggunakan Geographical Information System atau GIS
- Peningkatan komunikasi, informasi, dan edukasi (KIE)dengan langkah-langkah peningkatan peran serta masyarakat (mis. pembentukan pos-pos malaria desa di daerah terpencil), mengintensifkan promosi kesehatan, menjalin kemitraan dengan program dan sektor (LSM, ormas, organisasi keagamaan, organisasi profesi, organisasi internasional, lembaga donor, dunia usaha/swasta, serta segenap masyarakat), pengintegrasian upaya ke dalam program-program lain, mendorong terbitnya peraturan baik tingkat pusat maupun daerah, menyelenggarakan pertemuan lintas batas provinsi maupun kab./kota, serta mengupayakan jaminan ketersediaan dana untuk pelaksanaan program malaria.
Peningkatan sumberdaya manusia antara lain dengan re-orientasi program, pelatihan/refreshing serta sertifikasi tenaga mikroskopis di semua level fasyankes, pelatihan tenaga pengelola malaria bidang teknis dan manajemen, sosialisasi dan pelatihan tatalaksana penderita, serta mendorong peningkatan kemampuan dalam pelaksanaan penelitian dan kajian.