Laboratorium BBTKLPP Jakarta merupakan laboratorium rujukan di wilayah DKI Jakarta, Banten, Jawa Barat, Lampung dan Kalimantan 
Barat serta merupakan laboratorium terakreditasi ISO 17025 : 2005 keakuratan hasil pengujian adalah jaminan dari pelaksanaan pengujian yang dilaksanakan oleh seluruh personel laboratorium. Untuk menghasilkan hasil pengujian yang akurat diperlukan perawatan dan kalibrasi peralatan secara terprogram dari semua peralatan yang digunakan dalam setiap pengujian.
Hasil pengujian yang dikeluarkan oleh laboratorium BBTKLPP Jakarta digunakan dalam mengambil langkah dan kebijakan pada setiap kasus pencemaran lingkungan baik dari program bidang?bidang Surveilans, ADKL dan para pengguna jasa masyarakat umumnya.
Di dalam melaksanakan kegiatan operasional non laboratorium yang terdiri dari kegiatan ketata-usahaan dan kegiatan operasional laboratorium menimbulkan dapak berupa limbah cair yang beracun, infeksius baik padat maupun cair, domestik wase, yang terdiri dari :
- Logam berat ( Ag, Pb, Sn, Cu, Cr, Au, Hg, As, Al dan lain?lain )
- Non logam ( NO3, NO2, SO4, Cl, PO4, deterjen dan lain?lain )
- Virus dan bakteri patogen.
Unit instalasi pengolahan limbah cair yang dikembangkan laboratorium BBTKLPP Jakarta terdiri dari unit :
- Unit sedimentasi
- Unit biofilter karbon yang terdiri ari filter karbon dengan ukuran 6 x 13 mm dan batu koral ukuran 2 x 3 cm.
- Unit aerasi pada unit ini menggunakan bakteri ?MICROPLUS? merupakan bakteri aerob yang terdiri dari Nitrobacter sp, Aerobacter sp, Bacillus sp, Lactobacillus, Shacaromyces c.
- Unit desinfection pada unit menggunakan ozon generator sebagai desinfektan.
- Unit uji hayati pada unit menggunakan aerator dan aquarium dengan ikan sebagai indikator.
- Unit penampung lumpur pada unit menggunakan filter pasir dan koral.
- Unit bangunan pelindung mesin.
- Peralatan penunjang yang terdiri dari : mesin?mesin Blower, Pompa semizet, filter tabung fiber karbon dan resin, microfilter 1 micro yang 10 in dan 20 in, pompa samersible, timer digital.
Sistem yang berada pada unit IPAL harus berfungsi dengan baik agar air yang keluar ke masyarakat tidak berbahaya bagi lingkungan sehingga perlu dipantau kualitas hasil air buangan ke laboratorium BBTKLPP Jakarta sebagai monitoring internal per minggu dan ke laboratorium BPLHD DKI Jakarta sebagai pembanding.
Sehingga program pemeliharaan IPAL labotaorium BBTKLPP Jakarta harus dilaksanakan secara terorganisasi dan terprogram dengan baik.