Jauh sebelum Indonesia memproklamirkan kemerdekaannya pada tanggal 17 Agustus 1945, cikal bakal BBTKL PPM (Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pemberantasan Penyakit Menular) Jakarta telah eksis di Indonesia. BBTKL PPM Jakarta pertama kalinya terbentuk oleh pemerintahan hindia belanda dengan tajuk Dienst Voor De Volks Deandheid (bagian technisch) yang diserahi tugas untuk melaksanakan pembangunan penyediaan air, berbagai sumber air, dan pengawasan kualitas minuman.

Tepatnya pada tahun 1920, lembaga Dienst Voor De Volks Deandheid mendirikan Proesfstation Voor Rivier Water Zuivering Voor Drink Water yang berkedudukan di daerah Manggarai, Jakarta (Sekarang bernama Kelurahan, Manggarai, Kecamatan Tebet, Jakarta Selatan) dengan maksud untuk melakukan penyelidikan dan pengolahan air sungai sebagai bahan baku air minum (PDAM). Pada tahun 1935, Proesfstation Voor Rivier Water Zuivering Voor Drink Water dipindah ke Bandung dan berganti nama menjadi laboratorium Voor Technisch Hygine & Drink Water Voorzeining dan bekerjasama dengan Technische Hooge School (T.H.S) yang sekarang dikenal sebagai Institut Teknologi Bandung (ITB).

Pada zaman pendudukan jepang (1942 ? 1945) laboratorium Voor Technisch Hygine & Drink Water Voorzeining di Bandung, ditempatkan di bawah kementerian pengajaran yang dalam pelaksanaan tugasnya bekerjasama dengan Sekolah Tinggi Teknik (STT). Pada saat masa pendudukan jepang berakhir dan Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya, laboratorium tersebut berganti nama menjadi Laboratorium Kesehatan Teknik (LKT).

Paska Indonesia merdeka, tepatnya pada tahun 1946 ibukota Negara Republik Indonesia dipindahkan dari Jakarta ke Yogyakarta. Bersamaan dengan pemindahan ibukota negara, Laboratorium Kesehatan Teknik (LKT) dan Sekolah Tinggi Teknik (STT) juga dipindahkan ke Yogyakarta. Pada saat yang sama, Belanda bersama dengan sekutunya (NICA) juga mendirikan Laboratorium Ilmu Kesehatan Teknik (LIKT) di Bandung, tepatnya di gedung bekas gedung yang ditinggalkan LKT (yang pindah ke Yogyakarta).

Pada tahun 1949, LKT di Yogyakarta berganti nama menjadi Lembaga Ilmu Kesehatan Teknik dan statusnya di bawah Sekretaris Jenderal

Departemen Kesehatan RI. Pada tahun 1953, Laboratorium Kesehatan Teknik Yogyakarta berubah menjadi Lembaga Ilmu Kesehatan Teknik Bandung Cabang Yogyakarta. Selanjutnya pada tahun 1964, Lembaga Ilmu Kesehatan Teknik di Bandung diserahkan Kementrian Kesehatan Kepada Institut Teknologi Bandung (ITB) Pada tahun 1967, Lembaga Ilmu Kesehatan Teknik Bandung Cabang Yogyakarta berubah nama kembali menjadi Laboratorium Kesehatan Teknik Yogyakarta dan berkedudukan di bawah Departemen Kesehatan RI. Berselang 11 (sebelas) tahun kemudian (1978), Laboratorium Kesehatan Teknik Yogyakarta, ditetapkan oleh SK Menkes RI No. 143/Menkes/SK/IV/1978, berganti nama menjadi Balai Teknik Kesehatan Lingkungan (BTKL) dan bertanggungjawab kepada Direktur Jenderal Pelayanan Medik (Yanmedik) Departemen Kesehatan RI.

Pada tahun 1982, BTKL Yogyakarta membetuk pos Jakarta dan Surabaya yang diserahi tugas untuk membantu pelaksanaan tugas pokok dan fungsi BTKL Yogyakarta di wilayah DKI Jakarta dan sekitarnya dan di wilayah Surabaya dan sekitarnya. Setelah berjalan selama 11 tahun di bawah Direktorat Jenderal Pelayanan Medik, kedudukan BTKL dilimpahkan kepada Direktur Jenderal Pemberantasan Penyakit Menular dan Penyehatan Lingkungan Pemukiman (PPM & PLP) melalui Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI No. 426/Menkes/SK/VI/1989. Pada tahun 1993, BTKL Yogyakarta pos Jakarta dikukuhkan menjadi Balai Teknik Kesehatan Lingkungan Jakarta berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan RI No 023/Menkes/SK/XI/1993 dan ditetapkan sebagai UPT dengan eselon III b. BTKL Jakarta kembali mengalami perubahan nama, klasifikasi, struktur organisasi dan tata kerja, menjadi BALAI BESAR TEKNIK KESEHATAN LINGKUNGAN DAN PEMBERANTASAN PENYAKIT MENULAR (BBTKL PPM) JAKARTA, melalui SK Menkes RI No. 267/Menkes/SK/III/2004, dan mengalami peningkatan eselon menjadi IIb. BBTKL PPM Jakarta berdasarkan SK Menkes RI No. 266/Menkes/SK/III/2004, memiliki wilayah layanan sebanyak 5 (lima) provinsi yaitu : Provinsi DKI Jakarta, Jawa Barat, Banten, Lampung, dan Kalimantan Barat.

BBTKLPP Jakarta

1. Kedudukan

Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor : 2349/MENKES/PER/XI/2011,tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Bidang Teknik Kesehatan Lingkungan dan PengendalianPenyakit, BBTKL PP adalah Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan KementerianKesehatan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Direktur Jenderal PengendalianPenyakit dan Penyehatan Lingkungan.

1. Tugas dan Fungsi BBTKLPP Jakarta
2. Tugas

BBTKLPP Mempunyai tugas melaksanakan surveilans epidemiologi, kajian dan penapisan teknologi, laboratorium rujukan, kendali mutu, kalibrasi, pendidikan dan pelatihan, pengembangan model dan teknologi tepat guna, kewaspadaan dini, dan Penanggulangan Kejadian Luar Biasa (KLB) di bidang pengendalian penyakit dan kesehatan lingkungan serta kesehatan matra.

2. Fungsi
3. Pelaksanaan surveilans epidemiologi
4. Pelaksanaan analisis dampak kesehatan lingkungan (ADKL)
5. Pelaksanaan laboratorium rujukan
6. Pelaksanaan pengembangan model dan teknologi tepat guna
7. Pelaksanaan uji kendali mutu dan kalibrasi
8. Pelaksanaan penilaian dan respon cepat, kewaspadaan dini, dan penanggulangan KLB/wabah dan bencana.
9. Pelaksanaan surveilans faktor risiko penyakit tidak menular
10. Pelaksanaan pendidikan dan pelatihan
11. Pelaksanaan kajian dan pengembangan teknologi
12. teknologi pengendalian penyakit, kesehatan lingkungan, dan kesehatan matra, dan Pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan BTKLPP kelas 1.
13. Susunan Organisasi

BBTKLPP Jakarta terdiri dari :

1. Bagian Tata Usaha

Mempunyai tugas melaksanakan penyusunan programdan laporan, urusan keuangan, kepegawaian,dan umum.

2. Bidang Surveilans Epidemiologi

Melaksanakan perencanaan dan evaluasi di bidang surveilans epidemiologipenyakit menular dan penyakit tidak menular, advokasi danfasilitasi kesiapsiagaan dan penanggulangan KLB, kajian dan diseminasi informasi, kesehatan lingkungan, kesehatan matra, kemitraan dan jejaring kerja,serta pendidikan dan pelatihan bidang surveilans epidemiologi.

3. Bidang Pengembangan Teknologi dan Laboratorium

Melaksanakan perencanaan dan evaluasi, pengembangan dan penapisan teknologi dan laboratorium, kemitraan dan jejaring kerja, kesehatan lingkungan, kesehatan matra,serta pendidikan dan pelatihan bidang pengembangan teknologi dan laboratorium pengendalianpenyakit, kesehatan lingkungan dan kesehatan matra.

4. Bidang Analisis Dampak Kesehatan Lingkungan

Melaksanakan perencanaan dan evaluasi, pelaksanaan analisis dampak lingkungan fisik dan kimia, serta dampak lingkungan biologi, dan pendidikan dan pelatihan di bidang pengendalianpenyakit, kesehatan lingkungan, dan kesehatan matra

5. Tugas Instalasi

Jumlah instalasi sampai dengan tahun 2011sebanyak 15instalasi yang merupakan fasilitas penunjang penyelenggaraan pelayanan laboratorium klinik dan laboratorium kesehatan masyarakat,serta penunjang administrasi.Instalasi yang berkembang sampai Tahun 2011di BBTKLPP Jakarta terdiridari :

1. Instalasi Laboratorium Fisika, Kimia Air
2. Instalasi Laboratorium Fisika Kimia Padat, B3, dan Instrumen
3. InstalasiLaboratorium Fisika Kimia Udara dan Radiasi
4. Instalasi Laboratorium Biologi
5. InstalasiLaboratorium Klinis
6. InstalasiLaboratorium Media & Reagensia
7. InstalasiLaboratorium Pengendalian Mutu Laboratorium Penguji dan Kalibrasi
8. InstalasiLaboratorium Sarana dan Prasarana
9. InstalasiInstalasi Pengkajian dan Penerapan dan Pengembangan Teknologi(P3T)
10. Instalasi K3 dan Pengelolaan Limbah
11. Instalasi Pendidikan dan Pelatihan
12. Instalasi Pelayanan Tehnis
13. Instalasi Laboratorium Virologi dan Imunoserologi
14. Instalasi Laboratorium Entomologi.
15. Instalasi Laboratorium Kalibrasi